Seit 1993 ist er ständiger Leiter des Chors der Schweizer Radios und Fernsehens, an das er 2014 das von ihm 1998 gegründete Orchester „I Barocchisti“ abgetreten hat. Als Gastdirigent arbeitet er mit erstrangigen internationalen Formationen zusammen. Seine über hundert von der Internationalen Presse mit höchstem Lob bedachten Plattenaufnahmen umfassen Werke von der Renaissance bis zum Klassizismus und brachten ihm zahlreiche goldene Schallplatten, Diapasons, Echo Preise und verschiedene Grammy Award-Nominierungen ein.
Für seine Kirchenmusik wurde er 2012 von Papst Franziskus zum Ehrendoktor ernannt.
Er arbeitet mit berühmten Solisten zusammen und unterhält eine besondere Beziehung zu Cecilia Bartoli, mit der er das Projekt Mission und die Platte St. Petersburg einspielte. Seit 2013 ist er am Salzburger Festival regelmässig mit grossen Opernaufführungen anwesend. 2016 betraut ihn die Scala mit der Zusammenstellung eines Orchesters mit historischen Instrumenten und acht Aufführungen von Händels Oratorium Triumph der Zeit und Wahrheit.